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一心想獲得資訊的玲請九條家的管家宮瀨先生協助調查，順利獲得同意之外，REVEL也達成共識，決定助她一臂之力；就在玲的果斷行動讓警視廳搜查一課的人們也刮目相看之際，想不到「那個人」居然現身了！？

第1話【開始】，社團有一條規範寫著：不要一個人在入夜的校舍裡單獨行動！看似正常、歡樂的校園生活，卻不知道即將面臨的是一場令人窒息的嗜血追逃？！學園生活社的吉祥物小狗「太郎丸」趁大家不注意時，偷偷溜出學....

第1集【香港九龍財寶事件 File.1】，祖父是著名偵探的不動高中二年級學生金田一一和青梅竹馬的七瀨美雪在遇到了東京Girly Mode的瀧川龍太。因為有一位長得像美雪的模特兒‧楊蘭失蹤了，瀧川希望美....

在育幼院度過童年的雙胞胎少年米奇與達利，某天被一對過著富裕又安穩生活的老夫婦——園山夫妻收為養子。但是被收養的不是「米奇」和「達利」兩個人，而是以一個少年「園山秘鳥」的身份被收養了下來。他們隱瞞著自己....

第45集【崛田三兄弟殺人事件】，崛田文子的男友健太郎本是一鋼琴家，向崛田先生提婚不成，卻遭其傷害手指，無法彈琴因而輕生，5年後健太郎之父為其報仇，將崛田先生炸死，在柯南的推理下才道出過去這段往事。　....

第1集【復活的怪盜基德】，中森青子在教室和朋友談論世界知名、會變魔術的大盜怪盜基德在美術館現身一事。就在這時，黑羽快斗前來和青子爭論了起來。看到快斗在課堂上展現魔術，青子便挑釁地說即使是快斗也贏不過基....

黑木拓哉及黑木優也為特別武器隊成員，在執行任務時發現一名神秘女子。同時，無人知曉霧原直人及霧原直也在一處森林甦醒。....