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第257集【丸見碼頭的慘劇(上集) 】，阿笠博士帶著大家去海釣，結果在海邊認識一群釣客。受到潮汐的影響，大家忙了半天都沒有收穫，正想打道回府，結果那群釣客中有一個叔叔昏迷了，所有人都嚇了一跳，到底是意外還是被人陷害？柯南心中出現了疑團。

第12話【藍天】，啄木身體急速惡化，拜託京助跟蹤在教會看見的可疑男人。啄木確信一連串靠告發信揭發社會問題的事件背後，都有個他稱為告發者X的真凶。這個X究竟是誰？他真正的目的又是？另一方面，文人們今天也....

第1話【開球儀式】，殺人承包公司的新進社員・齋藤被降級調職到殺手激戰區的博多。同一時刻，被委託調查刑警自殺事件的偵探．馬場，收下了一張死去的刑警留下的照片。照片上竟有那位負面傳言不斷的現任市長的身影。....

【被大海背叛的男子】，柯南等人在海邊認識了一對有錢夫妻，還被邀請到遊艇上享用豪華大餐，沒想到後來其中的先生卻因為下海游泳而不幸溺斃，柯南等人碰巧目擊了整個過程，那對夫妻中的太太也拿出一段影片來証明這只....

第418集【目標毛利小五郎】，有個三年前曾經被小五郎逮捕的小偷、出獄之後不但整型還改了戶籍就是為了對小五郎進行報復、讓一切看起來好像是別人把小五郎誤認成一個叫木村的人、所進行的復仇計畫…....

第1話【深具傳統的古籍社之重生】，一向奉行節能主義，能不做的事就不做的折木奉太郎，因為姊姊的命令，只好加入了面臨廢社的古籍社。在那裡，他遇見了對凡事都充滿好奇的大小姐千反田愛瑠，奉太郎期望中風平浪靜的....

第510集【怪盜基德與四幅名畫，下集】，及川工作室裡發生的命案，包括消失了的新畫，一切看起來都像是基德所為，然而就在高木用一個小魔術表示了他對這個事件的想法時，柯南終於明白這一切是怎麼一回事，包括所謂....

第45集【崛田三兄弟殺人事件】，崛田文子的男友健太郎本是一鋼琴家，向崛田先生提婚不成，卻遭其傷害手指，無法彈琴因而輕生，5年後健太郎之父為其報仇，將崛田先生炸死，在柯南的推理下才道出過去這段往事。　....

第11話【水面】，綠意盎然的公園寧靜矗立在都會裡。有個男人注視著人煙罕至的池塘水面。男人散發出不祥的氣息，就只是靜靜的等待著某個人。第12話【渴望】，在都會的巷子裡，有個斬殺敵人的忍者正在收拾善後。明....

第1026集【加賀令嬡神秘之旅前篇】，小蘭抽獎幸運抽中旅遊券，沾了光的柯南和小五郎也一起來到金澤渡假。一行人漫步在金澤的街道，一名帶著鉅款的女子卻不小心撞上了小五郎。得知那筆錢是為了救人所準備的贖金....

為了找到一系列罪案的操縱者，程小時求助於肖力，找尋一切藏匿於暗中的蛛絲馬跡。但是擁有未知超能力的兇手在陰影之中，也從沒有停止過陰謀的腳步。神秘能力者如影隨形，身邊夥伴接連遇害，程小時屢次身陷險境。隨著....

以赤井秀一為中心，聚焦於世良純真、羽田秀吉、瑪麗各自的個性與看點，並解明其關聯。無可比擬的攻防戰過後，赤井的回歸為所有觀眾帶來了衝擊。而一連串”不在場證明”真相的背後，都有柯南的身影——。....