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第26集【真假人質綁票案】，小蘭的同學直子被歹徒綁架，正在碼頭進行贖金交易，然而歹徒逃亡途中，車輛不慎落海。打撈車輛上來，卻沒有看到直子和歹徒。在那之後得知，案發當天對岸有一艘來路不明的快艇，柯南因此確定直子等人還活著，開始了他的推理。

在繁華都市的某個角落，有一家叫做“時光照相館”的小店還在照常營業。雖然門庭冷落，但它背後其實由兩個具有特殊能力的男人——程小時和陸光經營著。為了完成顧客的委託，陸光和程小時組隊配合使用超能力進入照片，....

第556集【紅白黃色和偵探團】，茱蒂老師打電話通知柯南，表示黑暗組織的新員開始行動了，代號是波本目標可能是灰原哀，另外杉浦開人同學說，他們家公寓裡的某個房客每晚都有可疑的舉動，想拜託少年偵探團去調查不....

第1話【我回來了,希望峰學園】，這裡是集結了擁有超高校級才能的學生的政府公認特權學園「私立希望峰學園」。原為超高校級家政婦的新任教師雪染千紗來到了這裡任教。胸懷大志的雪染踏進了教室，卻發現教室裡頭卻只....

第136集【黑暗組織來的女子、大學教授殺人事件（四之一）】，柯南的班上來了一個轉學生，灰原哀的態度非常冷漠，卻似乎對柯南極感興趣，於是隨著步美一行人展開少年偵探隊的調查，為隔壁班的男生中田俊也找尋失蹤....

曾經盛極一時的日本忍者，因為戰後解散組織消失無蹤。事實上，忍者至今仍暗中存在，部分精銳忍者負責執行秘密任務，下級忍者卻是經常拿不到工作，過著宛如尼特族般的生活。....

第1集【柯南對怪盜基德(上)】，怪盜基德名振天下、偷遍世界珍寶、目前將焦點放在日本、並寄出通知函預言要盜取鈴木集團傳家之寶：暗夜星辰、鈴木園子為目賭基德廬山真面目、不欲求助警方、遂央請好友小蘭的父親偵....

以赤井秀一為中心，聚焦於世良純真、羽田秀吉、瑪麗各自的個性與看點，並解明其關聯。無可比擬的攻防戰過後，赤井的回歸為所有觀眾帶來了衝擊。而一連串”不在場證明”真相的背後，都有柯南的身影——。....

第1話【開球儀式】，殺人承包公司的新進社員・齋藤被降級調職到殺手激戰區的博多。同一時刻，被委託調查刑警自殺事件的偵探．馬場，收下了一張死去的刑警留下的照片。照片上竟有那位負面傳言不斷的現任市長的身影。....

第13話【為了影家人】，凱特終於來到艾蜜莉可的身邊，但這一切都在愛德華的計畫之中。倘若兩人就這麼被愛德華囚禁到天亮，便無可避免會被當成叛亂份子遭到懲處。而在這可說是絕望的狀況之中，出現了兩個形跡可疑的....

「夜斗」是個經營神明到府服務，為了五圓香油錢承接人們委託的大小事，居無定所的流浪神。最近由於夥伴伴音扔下一句「本能無法接受」而辭退，他終於連神器也失去了。這一天，他忙著尋找走失的家貓，途中眼看就要被車....