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第90集【白鶴報恩殺人事件】，柯南、小蘭與小五郎前往北海道進行一趟溫泉之旅。沒想到泡完溫泉回到小屋後竟發現屋主的屍體。雖然屋主兒子向警方自首父親是他殺的，但柯南認為事有蹊俏，開始著手調查…。

以赤井秀一為中心，聚焦於世良純真、羽田秀吉、瑪麗各自的個性與看點，並解明其關聯。無可比擬的攻防戰過後，赤井的回歸為所有觀眾帶來了衝擊。而一連串”不在場證明”真相的背後，都有柯南的身影——。....

第510集【怪盜基德與四幅名畫，下集】，及川工作室裡發生的命案，包括消失了的新畫，一切看起來都像是基德所為，然而就在高木用一個小魔術表示了他對這個事件的想法時，柯南終於明白這一切是怎麼一回事，包括所謂....

Gracefield農莊是一群沒有父母的孩子的居所。儘管沒有血緣關係，但和媽媽還有38位兄弟姐妹一起度過的每一天都充滿了小小的幸福。11歲的艾瑪、諾曼和雷是孤兒院中最年長的孩子，他們三個人都非常優秀，....

第136集【黑暗組織來的女子、大學教授殺人事件（四之一）】，柯南的班上來了一個轉學生，灰原哀的態度非常冷漠，卻似乎對柯南極感興趣，於是隨著步美一行人展開少年偵探隊的調查，為隔壁班的男生中田俊也找尋失蹤....

第1話【寶月夜宵】，擁有靈異體質的螢多朗，自從將朋友捲入靈障的風波之後，就過著足不出戶的生活。受到青梅竹馬詠子的鼓勵，他開始打工當家教，但負責的學生卻是有著超強力靈異體質的天才少女夜宵。夜宵一眼就看出....

第401集【解開紅葉公館之謎 (上集)】，柯南在無意間救了一個差點被車撞上的女孩，原來這個女孩是不動產王片寄王三郎領養的孫女，柯南他們在王三郎邀請下來到紅葉公館並且留下來作客，不料王三郎竟然在下午的約....

第556集【紅白黃色和偵探團】，茱蒂老師打電話通知柯南，表示黑暗組織的新員開始行動了，代號是波本目標可能是灰原哀，另外杉浦開人同學說，他們家公寓裡的某個房客每晚都有可疑的舉動，想拜託少年偵探團去調查不....

第12話【與你一同度過的那令人目眩神迷的3年】，君塚揮出的拳頭正要打到變色龍的瞬間，一顆從天花板上設出的子彈貫穿了變色龍。站在那裡的人毫無問地是「名偵探」。「你來當我的助手吧。」時隔４年的這句呼喚，喚....

死亡筆記本特別篇第01話(幻影之神A)....

第1話【Mother and Children】，在婦產科醫生、五郎面前出現的病患，是他神推的偶像、小愛，儘管深受打擊，五郎還是決定以醫生的身分支持她。但就在小愛即將臨盆之際，五郎不知被何人襲擊…！？....

曾經盛極一時的日本忍者，因為戰後解散組織消失無蹤。事實上，忍者至今仍暗中存在，部分精銳忍者負責執行秘密任務，下級忍者卻是經常拿不到工作，過著宛如尼特族般的生活。....

第275集【鳥取沙丘神祕之旅(倉吉篇)】，小五郎為了構思推理小說的內容，帶著小蘭和柯南來到鳥取。但是他很快就不耐煩的改成了觀光旅行，並且前往沙之美術館。下午1點多，他們在那裡遇到一個名叫千田直美的女人....