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第571集【殺人犯,工藤新一(下)】，不知道為什麼，村裡的人對工藤新一都充滿敵意，之後柯南一個人來到和誠人先生約定的山中小木屋結果柯南也一去不返失去了行蹤，偏偏由於柯南重感冒，阿笠博士誤把灰原做的解藥當作感冒藥給柯南吃，柯南因此變回了新一的樣子，問題是出現在大家面前，新一失去了所有的記憶…

因受邀參加新辦公大樓落成紀念電影《大怪獸哥梅拉VS假面超人》的製作發表會，柯南等人來到大阪的日賣電視台。製作發表期間，幹練的製作人米倉在倉庫發生意外，遭巨大的怪獸模型壓倒死亡。支撐模型的繩索被人用刀子....

第363集【新人教師骸骨事件/前篇】，這一天，柯南班上來了一位新老師-若狹留美，擔任班上的副班導。看起來膽小又冒失的若狹老師，請柯南一行人陪她去學校的舊倉庫拿需要的石灰，沒想到卻在舊倉庫的地下室發現一....

第1話【百合的追憶】，在英國屈指可數的溫泉地區巴斯，發生了高人氣貴族畫家的畫作被塗鴉的事件。在貧民區盛開的白百合花……威廉對於這個中心思想感到似曾相識。威廉與路易斯一同前往了巴斯，並巧遇為了調查前來此....

第1話【獨眼單足】，岩永琴子對在醫院偶然相遇的櫻川九郎一見鍾情。相遇後的兩年後，一直虎視眈眈的琴子對九郎提出以結婚為前提交往的要求。在九郎述說與前女友紗季分手的過程中，琴子向他表明了自己的"....

第1集【柯南對怪盜基德(上)】，怪盜基德名振天下、偷遍世界珍寶、目前將焦點放在日本、並寄出通知函預言要盜取鈴木集團傳家之寶：暗夜星辰、鈴木園子為目賭基德廬山真面目、不欲求助警方、遂央請好友小蘭的父親偵....

第1話【其神之名】，琴子接到一處公寓地縛靈的委託，它聲稱附近有「謎樣的怪異」。該棟公寓的空屋每到深夜就會傳出奇怪聲響，並且地上出現有著四隻手臂、長得像怪物的人偶。為了查出這神祕怪異的真面目，琴子與九郎....

鏡頭拉回到多年以前，揭開了九條家和「那個人」之間的秘密，玲對眼前娓娓訴說的他擔心不已，但是「他」卻話鋒一轉，說要取她性命！？無名事件相關人士之間的謎團終於揭開，而陷害九條的幕後黑手又是誰呢？....

第1話【Mother and Children】，在婦產科醫生、五郎面前出現的病患，是他神推的偶像、小愛，儘管深受打擊，五郎還是決定以醫生的身分支持她。但就在小愛即將臨盆之際，五郎不知被何人襲擊…！？....

第13話【為了影家人】，凱特終於來到艾蜜莉可的身邊，但這一切都在愛德華的計畫之中。倘若兩人就這麼被愛德華囚禁到天亮，便無可避免會被當成叛亂份子遭到懲處。而在這可說是絕望的狀況之中，出現了兩個形跡可疑的....

第1話【開球儀式】，殺人承包公司的新進社員・齋藤被降級調職到殺手激戰區的博多。同一時刻，被委託調查刑警自殺事件的偵探．馬場，收下了一張死去的刑警留下的照片。照片上竟有那位負面傳言不斷的現任市長的身影。....

第89集【綁架現場確定事件】，柯南與朋友們無意間從計程車無線電接收器聽到綁架事件，嫌犯表示，能看清被害人父親的一舉一動，若有任何異常舉動就會殺了他的女兒。柯南利用阿笠博發明的筆記型電子地圖，想找出嫌犯....