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第1039集【歡迎光臨少爺亭後篇】，「少爺亭」發生了員工遭到殺害的事件，警方從找到的線索研判，犯人很有可能就是少爺亭的老闆「紅襯衫」。不料隔天，紅襯衫卻被發現已成遺體。各項證據顯示，紅襯衫是畏罪自殺。然而，眼尖的柯南卻發現了不合理的地方。

第1話【深具傳統的古籍社之重生】，一向奉行節能主義，能不做的事就不做的折木奉太郎，因為姊姊的命令，只好加入了面臨廢社的古籍社。在那裡，他遇見了對凡事都充滿好奇的大小姐千反田愛瑠，奉太郎期望中風平浪靜的....

第1話【百合的追憶】，在英國屈指可數的溫泉地區巴斯，發生了高人氣貴族畫家的畫作被塗鴉的事件。在貧民區盛開的白百合花……威廉對於這個中心思想感到似曾相識。威廉與路易斯一同前往了巴斯，並巧遇為了調查前來此....

第1集【浪花連續殺人事件】（上）柯南與小蘭毛利一行人受服部平次之邀，來到大阪參觀，一路吃了許多大阪的名產，就在中途遇到一名死者從大樓上摔下，且已死亡一日，這件案子與之前大阪發生的前兩宗殺人案息息相關，....

第89集【綁架現場確定事件】，柯南與朋友們無意間從計程車無線電接收器聽到綁架事件，嫌犯表示，能看清被害人父親的一舉一動，若有任何異常舉動就會殺了他的女兒。柯南利用阿笠博發明的筆記型電子地圖，想找出嫌犯....

第1話【向雙日怒吼！】，老油條的老兵道格，與只有幹勁充沛這一優點的基里爾。完全相反的兩個男人相遇，最糟糕也是最優秀的刑警搭檔「Double Decker」誕生！....

第12話【陰陽眼見子】，見子勇敢的行動化解了她對善的誤解，同時也消除了附身在善身上的異形存在。自己不能一昧地害怕，應該要好好面對、改變現狀――見子的內心現在出現了小小的轉變……。那些不妙的傢伙們其實無....

因受邀參加新辦公大樓落成紀念電影《大怪獸哥梅拉VS假面超人》的製作發表會，柯南等人來到大阪的日賣電視台。製作發表期間，幹練的製作人米倉在倉庫發生意外，遭巨大的怪獸模型壓倒死亡。支撐模型的繩索被人用刀子....

曾經盛極一時的日本忍者，因為戰後解散組織消失無蹤。事實上，忍者至今仍暗中存在，部分精銳忍者負責執行秘密任務，下級忍者卻是經常拿不到工作，過著宛如尼特族般的生活。....

第1集【雲霄飛車殺人事件】，工藤新一是高中生名偵探，因為他的機智與推理能力，幫了警方不少的忙，所以也被稱為日本警察的救世主。新一和小蘭相約到遊樂場玩，沒想到卻在雲霄飛車遇到了殺人事件，在新一的機智推理....

第45集【崛田三兄弟殺人事件】，崛田文子的男友健太郎本是一鋼琴家，向崛田先生提婚不成，卻遭其傷害手指，無法彈琴因而輕生，5年後健太郎之父為其報仇，將崛田先生炸死，在柯南的推理下才道出過去這段往事。　....